ちょこっと講座など。
いくつかやり方はありますが、私のやってる方法です。
まず背景色の設定をします。
カラーパレットの【0.0】の位置（一番左上）が透明になる色なので、
透明にしたい範囲を、【0.0】の位置の色で塗りつぶしておきます。
塗ったら、メニューの
ファイル→エクスポート→ＧＩＦ形式で保存を選びます。
すると以下のウィンドウが出るので。
このように設定します。
「画像保存設定」
→全レイヤを重ねた画像を保存
「透過色設定」※重要
→編集レイヤ（0.0）の色を透過させる
「色数」
→２５６色
保存ボタンをクリックして、好きなフォルダに保存してください。
透過されてるはずですー。